Viện Trần Nhân Tông có chức năng, nhiệm vụ chính: Nghiên cứu các di sản, giá trị văn hóa và sự nghiệp của Trần Nhân Tông, giá trị văn hóa, tư tưởng thời nhà Trần và các vấn đề liên quan; tư vấn chính sách về phát triển, bảo tồn và phát huy di sản, giá trị văn hóa Trần Nhân Tông và văn hóa truyền thống của dân tộc; thực hiện hoạt động đào tạo về các chuyên ngành có liên quan, tổ chức các khóa đào tạo, bồi dưỡng ngắn hạn có liên quan theo quy định hiện hành, tổ chức các hoạt động xã hội kết nối yêu thương, giao lưu văn hóa trong và ngoài nước để tăng cường tình hữu nghị nhân dân các nước.

Nằm trong lòng ĐHQGHN – đại học hàng đầu của Việt Nam, Viện Trần Nhân Tông sẽ là nơi từ góc độ học thuật tôn lên dòng lành mạnh, chân tu và trí tuệ của Phật giáo, góp phần phát triển tinh hoa tốt đẹp của Phật giáo mang bản sắc Việt Nam, của tư tưởng Trần Nhân Tông và văn hóa đời Trần, cũng như văn hóa truyền thống Việt Nam nói chung, góp phần vào sự nghiệp xây dựng con người Việt Nam mới trong thời đại toàn cầu hóa.